Mayer hematoksileni normal olarak hematoksilen-eozin boyamalarında kullanılan hematoksilen türlerinden biridir. Boyama şekli ilerleyicidir, yani boyama solüsyonunda ne kadar uzun süre kalırsa dokuda o kadar fazla boyama elde edilir. Spesifik olarak, Mayer'in hematoksileni, ilerici bir işlem kullanıldığında, özellikle de sitoplazmik bir bileşeni vurgulamak için nükleer bir lekenin gerekli olduğu durumlarda, ki bu özel bir leke ile gösterilmiştir ve asit/alkol farklılaşmasının yok edebileceği durumlarda, çekirdek üzerinde çok spesifik bir etkiye sahiptir. veya lekeli sitoplazmik bileşenin renginin değişmesine neden olabilir. Çeşitli histokimyasal enzimatik tekniklerde glikojenin gösterilmesinde nükleer boya olarak kullanılır. Mayer hematoksileni genellikle aşamalı olarak kullanılır, ancak geriye dönük olarak da kullanılabilir. Aşamalı boyamada, numune, mikroskop altında kontrol edilerek veya sadece boyama süresine göre standardize edildikten sonra operatörün ilgilendiği noktaya kadar boyanır. Boyama sonrası elde edilen renk, hematein ile boyanan preparatlarda beklenen ve klasik mavi-mor yerine bordo-kırmızıdır. Asidik pH'ta hematein kırmızıdır, ancak hafif bazik pH'ta rengi mavi-mora dönüşür. Bu olguya "mavileşme" adı verilir ve preparatın hafif alkali çözeltilerle veya daha yaygın olarak ucuz ve kullanışlı musluk suyuyla kaplanmasıyla elde edilebilir. Bu noktada preparatta kabaca çok sayıda hücre çekirdeği ortaya çıkacak ve bunların hangi hücreye ait olduğunu ayırt etmek çok zor olacaktır. Hematein tarafından işaretlenmeyen yapıları lekelemek için kontrast boya kullanılması gerekli hale gelir. Eozin en yaygın olanıdır, çünkü diğerlerinin yanı sıra sitoplazmaları, hücre matrislerini ve eritrositleri boyar ve çok çeşitli pembe ve kırmızı renk tonları sağlar.